有馬溫泉的泉源非一般常見的火山爆發後由地表湧出的，反而是在非火山區地帶自然湧出的溫泉，因此非常特別。根據許多地球科學學者調查指出，隸屬有馬溫泉分類的「金泉」因為含有「mantle」成分,而擁有高溫高成分的特性。更有一說是有馬溫泉乃是匯集了許多偶然條件才出現的“神秘溫泉”，在菲律賓海附近的海水大約經過了600萬年才因為「mantle」的特性而轉化為有馬溫泉等。根據推測有馬溫泉的金泉是在大概30萬年前才從海岸地表處湧出的。