據說豐臣秀吉第一次造訪有馬溫泉是在1583年,時值豐臣秀吉逐一打敗敵手的明智光秀、柴田勝家、織田信孝的一統天下之際，因為戰爭而身心俱疲的秀吉，在浸泡了有馬溫泉後，不但通體舒暢，此後更多次造訪此地，並持續支援有馬溫泉的發展。
更值得一提的是，豐臣秀吉於1597年大規模整修有馬溫泉的豐功偉業。據傳有馬溫泉因為1596年發生在近畿一帶的慶長伏見大地震，遭到嚴重破壞，甚至因為地震的影響,溫泉的水溫更是急遽上升。深知有馬溫泉的益處的豐臣秀吉乃著手徹底整修有馬溫泉。
整修作業雖然順利地於1598年5月完工，豐臣秀吉卻因為狂風暴雨的天候而中斷了他見證有馬溫泉的整修成果並不幸於同年8月18日與世長辭。
有馬溫泉能有今日的繁盛，豐臣秀吉無疑為一大推手，此豐功偉業至今仍廣為流傳。