有馬温泉で湧き出るお湯は、温泉地特有の火山活動による湧出ではなく、火山活動がない場所に湧く温泉として他の温泉に比べ特異性があるとされています。
有馬温泉の「金泉」といわれる、高温・高成分の温泉源は多くの地球科学者により「マントル」の成分を含んでいると指摘されています。
フィリピン海プレートがユーラシアプレートに沈み込む時に海水が取り込まれ、鉱物に取り込まれて存在していた海水がマントルの熱で水蒸気となり、有馬の温泉となって地表に出てくるまでには600万年以上の時間がかかっています。
約30万年前には、金泉は当時の海岸で噴出していたように推定されています。